工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探(tàn )，在一(yī )次追查黑(hēi )衣人犯罪(zuì )团伙时不幸被团伙(huǒ )成员发现，击晕后(hòu )喂了神奇的(de )药水(shuǐ )，工(gōng )藤(téng )新一(yī )变回了(le )小孩！新一找到了经常帮(bāng )助他(tā )的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯(fàn )罪团(tuán )伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查(chá )他们，希望能得(dé )到解药。一日(rì )，新一 的女友毛利兰来到(dào )了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南(nán )寄居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探(tàn )，新一可以(yǐ )籍着和他一(yī )起四出办案一起追查(chá )黑夜人的(de )下落。柯南在(zài )小学(xué )认识步美(měi )等小学(xué )生，他们一起组织(zhī )了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战(zhàn )！