工藤新一是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击(jī )晕后喂(wèi )了神(shén )奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小孩！新(xīn )一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打(dǎ )造不少间谍武器(qì )。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报(bào )复(fù )，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗(àn )中追查(chá )他们，希望能得到(dào )解药。一日，新(xīn )一 的女(nǚ )友(yǒu )毛利兰来到了阿(ā )笠博士的家寻找男友的下落(luò )，被小兰撞见(jiàn )的新一(yī )情急之下编造了自己名叫(jiào )江户川柯(kē )南，随后柯(kē )南寄居在(zài )了(le )小兰家。小兰的父亲毛利小五(wǔ )郎是一名私家(jiā )侦探，新一(yī )可以籍着和(hé )他一起四出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯(kē )南在小学认识步美等(děng )小学生(shēng )，他们一起(qǐ )组织了一个少年(nián )侦探团(tuán )，向罪犯宣战！