工(gōng )藤新一是(shì )全国(guó )著(zhe )名的高中生侦探，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团(tuán )伙(huǒ )时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药(yào )水，工藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常(cháng )帮助他的(de )阿笠博士，博士为(wéi )他(tā )度身打造不少间谍(dié )武器。为了防止犯罪团伙对他进行报(bào )复(fù )，新一决定(dìng )隐姓埋名，暗(àn )中追查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿笠博士的(de )家寻找男友的(de )下落，被小兰撞见的新(xīn )一情急之下编造(zào )了自己名叫江户(hù )川柯(kē )南，随后柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎(láng )是一名私家侦探(tàn )，新一可以籍着和他一起四(sì )出办案一起(qǐ )追查黑夜(yè )人的下落。柯南在小学认识步美等小学(xué )生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战(zhàn )！