工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣(yī )人犯罪(zuì )团伙时不幸被团伙成员(yuán )发(fā )现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博(bó )士为他度(dù )身打造(zào )不少间谍武器。为了防止犯罪团(tuán )伙对他进行(háng )报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得(dé )到解药。一日，新(xīn )一(yī ) 的女友毛利兰(lán )来到了阿(ā )笠博士的(de )家寻找男友(yǒu )的下(xià )落，被(bèi )小兰撞见的新一(yī )情急之下(xià )编造了自己名叫江户川柯(kē )南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的(de )父亲毛利小(xiǎo )五郎是(shì )一(yī )名私家侦探，新(xīn )一(yī )可以籍着和(hé )他一起四出办案(àn )一起追查(chá )黑(hēi )夜人的下落。柯南在小学认(rèn )识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！