工藤新一是全国著名的(de )高中生侦探，在一次追查黑衣人(rén )犯罪(zuì )团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发现(xiàn )，击(jī )晕后喂了神奇的药(yào )水，工藤新一变回了小孩！新一找到了(le )经常帮助他(tā )的(de )阿笠(lì )博士，博士为他度(dù )身打造不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们(men )，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了(le )阿笠博(bó )士的(de )家寻找男(nán )友的(de )下落，被(bèi )小(xiǎo )兰(lán )撞见的新(xīn )一情(qíng )急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯(kē )南寄居(jū )在(zài )了小兰家。小兰的(de )父亲毛利(lì )小五郎是一名私家侦探，新一可(kě )以籍着和他(tā )一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小(xiǎo )学(xué )认识步美等小(xiǎo )学(xué )生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣(xuān )战！