工(gōng )藤新一是全(quán )国著名的高中生侦探(tàn )，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一(yī )变(biàn )回(huí )了(le )小孩！新一找到(dào )了经(jīng )常帮助他的(de )阿(ā )笠博士，博(bó )士为他度身打造不少间谍武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报复，新一(yī )决定隐姓(xìng )埋名，暗中追查他们，希望能得(dé )到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛(máo )利兰来(lái )到了阿(ā )笠博士的家寻(xún )找男友的下落，被(bèi )小(xiǎo )兰撞见的新(xīn )一情(qíng )急之下编造(zào )了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一(yī )可以籍(jí )着和他一起四出办(bàn )案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起(qǐ )组织了一个(gè )少年侦探团，向罪犯宣战！