工藤新(xīn )一是全国著(zhe )名的高中(zhōng )生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了(le )神奇的(de )药水，工藤(téng )新一变回了小孩！新一(yī )找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他(tā )度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决(jué )定(dìng )隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士的(de )家寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新(xīn )一情急(jí )之下编造(zào )了自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰的父亲毛(máo )利小(xiǎo )五郎是(shì )一名私家侦探，新一可以籍着和他一(yī )起四出办(bàn )案一(yī )起追查黑夜(yè )人的下落(luò )。柯南在小学认识(shí )步美等小学生，他们一起组织(zhī )了一个少年(nián )侦探团(tuán )，向罪(zuì )犯宣战！