工(gōng )藤新一是(shì )全国著名(míng )的高(gāo )中生(shēng )侦探，在一(yī )次追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成员(yuán )发现，击晕后喂了(le )神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到(dào )了(le )经常帮助他的阿笠博(bó )士，博(bó )士为他度(dù )身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他(tā )进(jìn )行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望(wàng )能(néng )得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来(lái )到了阿笠(lì )博(bó )士的家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞见的新一情急之下(xià )编造了自己名叫江户(hù )川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄(jì )居(jū )在了小(xiǎo )兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追(zhuī )查黑夜人(rén )的(de )下落。柯南在小学认识步(bù )美等小学生，他们一起组织了一(yī )个少年(nián )侦探团(tuán )，向(xiàng )罪犯宣战(zhàn )！