工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发现，击晕后(hòu )喂了(le )神奇的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新(xīn )一找到了经常帮助他(tā )的阿(ā )笠博(bó )士，博士为他度身(shēn )打造不少(shǎo )间谍武器(qì )。为了防止犯罪团伙对他(tā )进行报复(fù )，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查(chá )他们，希望(wàng )能(néng )得(dé )到解药。一日，新(xīn )一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰撞见的(de )新一(yī )情急(jí )之下编造了自己(jǐ )名叫江户川(chuān )柯(kē )南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可以籍着和他(tā )一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人(rén )的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小学生(shēng )，他(tā )们一(yī )起组织了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯(fàn )宣战！