工藤新一是全国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药(yào )水(shuǐ )，工(gōng )藤新一变回了小孩！新一找到了(le )经常帮(bāng )助他(tā )的阿笠博士，博士为(wéi )他(tā )度(dù )身(shēn )打造不(bú )少间谍武器。为了(le )防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓(xìng )埋(mái )名，暗中追查他(tā )们，希(xī )望能得到解药。一(yī )日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博士的(de )家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己(jǐ )名叫江户川柯南，随后(hòu )柯(kē )南(nán )寄居在了(le )小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可以(yǐ )籍着和他一起(qǐ )四出办案一起(qǐ )追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一(yī )个少年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！