工藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦探(tàn )，在一次追查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙(huǒ )成员发现(xiàn )，击晕后喂了神(shén )奇的药(yào )水(shuǐ )，工藤新一变回了(le )小孩！新(xīn )一找(zhǎo )到(dào )了经常帮助他(tā )的阿笠博士，博士为他(tā )度身打造不少(shǎo )间谍(dié )武器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复(fù )，新一(yī )决定(dìng )隐姓(xìng )埋名，暗中追查(chá )他们，希望能得到(dào )解药(yào )。一日(rì )，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见的新(xīn )一情急之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛(máo )利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可以籍着(zhe )和他一起四出办案一起追查黑夜人(rén )的下(xià )落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！