工藤新一是全国著名(míng )的高中生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团(tuán )伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕后喂(wèi )了神奇的药水(shuǐ )，工(gōng )藤(téng )新一变回(huí )了(le )小孩！新一找到了(le )经常帮助(zhù )他的阿笠(lì )博士，博(bó )士为他度身打(dǎ )造不少间谍武器(qì )。为了防止犯(fàn )罪团(tuán )伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他(tā )们，希望能得到解药(yào )。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一(yī )情急之下编造了(le )自己名叫江户(hù )川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利小五郎是(shì )一(yī )名私家侦(zhēn )探，新一(yī )可以籍着和他一起四出办案一起(qǐ )追查黑夜人的下(xià )落(luò )。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年(nián )侦探(tàn )团，向(xiàng )罪犯(fàn )宣战！