工藤新一是全国著(zhe )名的高中生(shēng )侦探，在一次追(zhuī )查黑衣(yī )人犯罪团(tuán )伙(huǒ )时不(bú )幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神(shén )奇的(de )药水，工藤新(xīn )一(yī )变(biàn )回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报复，新一决(jué )定隐姓埋名(míng )，暗中追(zhuī )查他(tā )们(men )，希望(wàng )能得(dé )到解药。一日，新一(yī ) 的女(nǚ )友(yǒu )毛利兰来到了(le )阿笠(lì )博士的家寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑(hēi )夜(yè )人(rén )的下落。柯南在(zài )小学认识步美等小学生，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！