工藤新一是全(quán )国著名的高(gāo )中生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂(wèi )了神(shén )奇的(de )药水，工(gōng )藤新一变回了小孩(hái )！新一找到了经(jīng )常帮助他的(de )阿(ā )笠博士，博士为他度(dù )身(shēn )打造不少间谍武(wǔ )器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报(bào )复(fù )，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查他们，希望能得到(dào )解药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被(bèi )小兰撞见的(de )新一情急之(zhī )下编造(zào )了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的(de )父亲毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍(jí )着和(hé )他一起四出办案一起追查黑夜(yè )人(rén )的下落。柯南在小(xiǎo )学认识(shí )步美等小学生，他们一起组织(zhī )了一个(gè )少年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！