工藤新一是全国著名的高中生侦探(tàn )，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现(xiàn )，击晕(yūn )后喂了神奇的药水，工藤新一变(biàn )回了(le )小(xiǎo )孩！新一找(zhǎo )到(dào )了经常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯(fàn )罪团伙对(duì )他(tā )进行(háng )报复(fù )，新一决(jué )定隐姓埋名，暗(àn )中追查(chá )他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的女(nǚ )友毛利兰(lán )来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的(de )新(xīn )一情急之下编造(zào )了自己(jǐ )名叫江户川(chuān )柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父(fù )亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可(kě )以籍着和(hé )他一起四(sì )出办案一起追查黑(hēi )夜人的下落。柯(kē )南(nán )在小学认识步美等小学生，他(tā )们一起组织(zhī )了一个少年侦探团，向罪犯宣战！