工藤新一(yī )是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的(de )药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了(le )经常帮助(zhù )他的阿(ā )笠博士，博士为他(tā )度身打造不少(shǎo )间谍武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗(àn )中(zhōng )追查他们(men )，希(xī )望能得到(dào )解药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急(jí )之下编造了自(zì )己名(míng )叫江户(hù )川柯南(nán )，随后柯南寄(jì )居在(zài )了小兰(lán )家。小兰(lán )的父亲毛利小五(wǔ )郎是一名私家侦(zhēn )探，新一可以(yǐ )籍(jí )着和他一起(qǐ )四(sì )出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣(xuān )战！