工藤新(xīn )一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了(le )神奇的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新(xīn )一找到(dào )了经常帮助他的阿笠博士，博士为(wéi )他度身打造不(bú )少间谍武(wǔ )器。为(wéi )了防止犯罪团(tuán )伙对(duì )他进行(háng )报复，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查(chá )他们，希望能得(dé )到(dào )解药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰(lán )来到了阿(ā )笠博士的(de )家寻找男友的下落，被小兰(lán )撞见的新(xīn )一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居(jū )在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名私家侦探(tàn )，新(xīn )一可(kě )以籍着(zhe )和他一起四出办案一起追查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美(měi )等小学(xué )生，他(tā )们一(yī )起组织了(le )一个少年侦探团，向罪犯宣战！