工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查黑衣人犯罪(zuì )团伙(huǒ )时不幸被团伙(huǒ )成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回(huí )了小孩！新一(yī )找到了(le )经常(cháng )帮助他的阿(ā )笠(lì )博士，博士为他度身打造(zào )不少(shǎo )间(jiān )谍武器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对(duì )他进行报(bào )复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查(chá )他们，希望(wàng )能得到解药。一日，新(xīn )一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见的新一(yī )情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随(suí )后柯南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探(tàn )，新一(yī )可以籍着和(hé )他一起四出办案一起追查黑(hēi )夜人的(de )下落。柯南在小学认(rèn )识步美等小学生，他们一起组织(zhī )了一(yī )个少年(nián )侦探团，向罪(zuì )犯宣战！