工(gōng )藤新一是全国(guó )著名的高中生(shēng )侦(zhēn )探，在(zài )一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成员发现，击(jī )晕(yūn )后喂(wèi )了神奇的药水，工藤(téng )新一变回了小孩(hái )！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠博士，博士为他度身打造(zào )不少间(jiān )谍武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行(háng )报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到了阿笠博士(shì )的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫(jiào )江户(hù )川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛(máo )利小五郎是一名私家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起四出办案(àn )一(yī )起追(zhuī )查黑(hēi )夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美(měi )等(děng )小学生，他们一(yī )起组织了一个少年(nián )侦探团，向罪(zuì )犯宣战！