工藤新一是全(quán )国(guó )著名的高中生(shēng )侦探，在一次追(zhuī )查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度(dù )身打造不少间谍(dié )武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查他们，希望能得(dé )到解(jiě )药。一(yī )日，新一 的(de )女(nǚ )友毛利兰来(lái )到了阿笠博士的家寻(xún )找男友(yǒu )的下(xià )落(luò )，被小兰(lán )撞见的新(xīn )一情急之下编造(zào )了自己名叫江户川柯南，随后柯南(nán )寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起(qǐ )四(sì )出办(bàn )案一起追查黑夜(yè )人的下落。柯南在小学认识步美(měi )等小(xiǎo )学生，他们一(yī )起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯宣战！