工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变(biàn )回(huí )了小孩！新一找(zhǎo )到了经(jīng )常帮(bāng )助他的阿(ā )笠博士，博(bó )士为(wéi )他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望(wàng )能(néng )得(dé )到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士(shì )的家寻找男友的下落(luò )，被小(xiǎo )兰撞见的新一(yī )情(qíng )急之下编造了自己名叫(jiào )江户川(chuān )柯南，随(suí )后柯(kē )南(nán )寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和(hé )他一(yī )起四出办案一起(qǐ )追(zhuī )查黑夜人的(de )下落。柯(kē )南(nán )在小学(xué )认识步美等小学生，他们一(yī )起组织了一(yī )个少(shǎo )年侦探团，向罪犯宣战！