工藤新一是全国(guó )著名的高中生侦探(tàn )，在一(yī )次追查黑衣(yī )人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击(jī )晕(yūn )后喂了神奇的药(yào )水，工(gōng )藤(téng )新一(yī )变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少间谍武器(qì )。为了防(fáng )止犯罪团(tuán )伙对他进(jìn )行报复，新一(yī )决(jué )定隐姓(xìng )埋(mái )名，暗中追查他们，希(xī )望能(néng )得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博士的家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了自己(jǐ )名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父(fù )亲毛利小五郎是一名(míng )私(sī )家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查(chá )黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识步美等(děng )小学生(shēng )，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！