工藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助(zhù )他的阿笠(lì )博士，博士为他度身(shēn )打造不少间(jiān )谍武器(qì )。为了(le )防止(zhǐ )犯罪团伙对(duì )他进行报复(fù )，新一决定(dìng )隐姓埋名，暗中追(zhuī )查他们，希望能得到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛(máo )利兰来(lái )到了阿笠博士的家寻(xún )找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造(zào )了(le )自己名(míng )叫江(jiāng )户川柯(kē )南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰(lán )的父亲毛(máo )利小五郎是(shì )一名(míng )私家侦探，新一可以籍着和(hé )他(tā )一起四出办案一起追查黑夜(yè )人的(de )下落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦探(tàn )团，向罪(zuì )犯宣战！