工藤新一(yī )是全国著名的高中生侦探，在一次追(zhuī )查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员(yuán )发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为(wéi )他度身打(dǎ )造不少间谍(dié )武器。为了防止犯罪团伙对他(tā )进行报(bào )复，新一决(jué )定(dìng )隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望(wàng )能得(dé )到解药。一日，新一 的女友毛利兰来(lái )到了阿(ā )笠博士的家寻找男友的下落，被(bèi )小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编造了自己(jǐ )名叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的(de )父亲毛利小五郎(láng )是一名私家(jiā )侦探，新一可以(yǐ )籍(jí )着和他一起四(sì )出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美(měi )等(děng )小学生(shēng )，他(tā )们一起组织了一个少年(nián )侦(zhēn )探团，向(xiàng )罪(zuì )犯(fàn )宣战！