工藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑(hēi )衣人(rén )犯罪团伙时不幸(xìng )被团(tuán )伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神(shén )奇的药(yào )水，工藤新一(yī )变(biàn )回了(le )小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿笠(lì )博士(shì )，博士为他度身打(dǎ )造不少间(jiān )谍武器(qì )。为了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复，新一决(jué )定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能(néng )得到解药。一(yī )日(rì )，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士(shì )的(de )家寻找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急(jí )之下编造了自己名叫江户川柯南(nán )，随后(hòu )柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰的(de )父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追查黑夜人的下(xià )落(luò )。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了(le )一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！