工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成(chéng )员发现(xiàn )，击晕后喂(wèi )了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了小孩！新一(yī )找到了经常帮助他(tā )的阿笠博士，博士为他度身打(dǎ )造(zào )不少(shǎo )间谍(dié )武(wǔ )器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓(xìng )埋(mái )名，暗中追查他们(men )，希望能得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰(lán )撞见的新一(yī )情急之下编(biān )造了自(zì )己名(míng )叫江户川柯南，随后柯(kē )南寄居在了小兰家。小兰(lán )的(de )父亲毛(máo )利小五郎(láng )是(shì )一名私家侦探，新(xīn )一可以籍着和他一起四出(chū )办案(àn )一起追查黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认(rèn )识步美等小学(xué )生，他们一起组(zǔ )织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！