工藤新一是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击(jī )晕后喂了神奇(qí )的药水，工藤新(xīn )一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍(dié )武器。为了防止犯罪团(tuán )伙(huǒ )对他进行报复，新(xīn )一决定隐(yǐn )姓埋(mái )名，暗(àn )中追查(chá )他(tā )们，希望(wàng )能得到解(jiě )药。一日，新一 的(de )女友毛利兰(lán )来到了阿笠(lì )博士(shì )的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫(jiào )江户川柯南(nán )，随后(hòu )柯南寄居(jū )在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名私家侦探(tàn )，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查(chá )黑(hēi )夜人(rén )的下(xià )落。柯(kē )南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣(xuān )战！