工藤新一是全国著名的高中生侦(zhēn )探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙(huǒ )时不幸(xìng )被团伙成员(yuán )发现，击(jī )晕后喂(wèi )了神(shén )奇的药(yào )水，工藤新(xīn )一变回(huí )了小孩(hái )！新一找到了经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少(shǎo )间谍武(wǔ )器。为了防止犯(fàn )罪(zuì )团(tuán )伙对他进行报复，新一决定(dìng )隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到(dào )了阿笠博士的家寻找男友的下落(luò )，被小兰(lán )撞见的新一情急之(zhī )下编造(zào )了自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯(kē )南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一(yī )起四出办案一起(qǐ )追查黑(hēi )夜人的下(xià )落。柯(kē )南在(zài )小学(xué )认识步美等小学生，他们一起(qǐ )组织(zhī )了一个少(shǎo )年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！