工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙(huǒ )成员(yuán )发现，击晕(yūn )后(hòu )喂了神奇的(de )药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩(hái )！新一(yī )找到了经常帮(bāng )助他的阿(ā )笠博士，博士为他度身打造不少间(jiān )谍武(wǔ )器。为(wéi )了防止犯罪团伙(huǒ )对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查(chá )他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠(lì )博士的家寻找男友的下落，被小兰(lán )撞(zhuàng )见的新一情急之(zhī )下编造了自(zì )己(jǐ )名叫(jiào )江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是(shì )一名私家侦探，新(xīn )一可以(yǐ )籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追查黑夜(yè )人(rén )的(de )下(xià )落。柯南在小学(xué )认识步美等(děng )小学生，他们一起(qǐ )组织了一个少年侦探(tàn )团(tuán )，向罪犯宣战！