工(gōng )藤新(xīn )一(yī )是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了(le )经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止(zhǐ )犯(fàn )罪(zuì )团伙对他(tā )进行(háng )报复，新一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查(chá )他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰(lán )来到(dào )了(le )阿笠博士的家寻找男友的下(xià )落，被小兰撞见(jiàn )的(de )新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户川柯南，随(suí )后柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以(yǐ )籍着(zhe )和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯(kē )南在小学认识步美等小学生，他们(men )一起(qǐ )组织(zhī )了一(yī )个少(shǎo )年(nián )侦探(tàn )团，向罪犯宣战！