工藤新一是(shì )全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑(hēi )衣人(rén )犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药(yào )水(shuǐ )，工(gōng )藤新一变回了(le )小孩！新一找到了(le )经(jīng )常帮助(zhù )他的阿笠博士(shì )，博士(shì )为他度(dù )身打造不少(shǎo )间(jiān )谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新(xīn )一(yī ) 的女友(yǒu )毛(máo )利兰来到(dào )了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰(lán )撞见的新(xīn )一情急之下(xià )编造了自己名叫江户川柯(kē )南，随后(hòu )柯南(nán )寄居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案(àn )一起追查黑(hēi )夜(yè )人(rén )的下落。柯南(nán )在小学认识步(bù )美等小(xiǎo )学生，他们一起组(zǔ )织了一个少年侦探团，向(xiàng )罪犯宣(xuān )战！