工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时不(bú )幸被(bèi )团伙成员发现(xiàn )，击晕后喂(wèi )了神奇的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新一(yī )找到了经常帮助他的(de )阿笠(lì )博士，博士为他度(dù )身打造不少间谍武(wǔ )器。为了防止犯(fàn )罪团伙对他进行报(bào )复(fù )，新(xīn )一(yī )决定隐姓(xìng )埋名(míng )，暗中(zhōng )追查他们，希望能得到(dào )解药。一日，新(xīn )一 的女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自(zì )己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南(nán )寄居在了小(xiǎo )兰(lán )家(jiā )。小(xiǎo )兰(lán )的父亲毛利小五郎(láng )是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和(hé )他一起四出(chū )办案一(yī )起追查黑夜人的下落(luò )。柯南在小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组(zǔ )织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯(fàn )宣战！