工藤(téng )新一是全国著(zhe )名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时(shí )不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一找到了经(jīng )常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为(wéi )他度身打造不(bú )少间谍武器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望(wàng )能(néng )得到解(jiě )药。一(yī )日(rì )，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士(shì )的家(jiā )寻找男(nán )友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之(zhī )下编造(zào )了自己名叫(jiào )江户(hù )川柯南，随(suí )后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在(zài )小学认(rèn )识步美等小学生，他们一起组织了一(yī )个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！