工藤新一是(shì )全(quán )国著名的高中(zhōng )生侦(zhēn )探，在一次追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被团(tuán )伙成员(yuán )发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的(de )药水，工藤新一(yī )变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少(shǎo )间谍武(wǔ )器。为(wéi )了防(fáng )止犯罪团(tuán )伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他们(men )，希望(wàng )能得到解药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到了(le )阿笠(lì )博(bó )士的(de )家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞(zhuàng )见的新一情急(jí )之(zhī )下(xià )编造(zào )了自己名(míng )叫江户(hù )川柯(kē )南，随后(hòu )柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的父亲毛利(lì )小五郎是一名(míng )私家侦探，新一可以籍着和他一(yī )起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！