工藤新一是全国著(zhe )名的高(gāo )中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现(xiàn )，击晕(yūn )后喂了神奇的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的(de )阿(ā )笠博士(shì )，博士(shì )为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复(fù )，新(xīn )一决定(dìng )隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望(wàng )能得(dé )到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿(ā )笠(lì )博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小(xiǎo )兰撞见(jiàn )的新一情(qíng )急之下编造(zào )了自己名叫(jiào )江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可(kě )以籍着和他(tā )一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小(xiǎo )学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣(xuān )战(zhàn )！