工藤新一是全(quán )国著名的(de )高中生侦探，在一次追(zhuī )查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时(shí )不幸被团伙成员发现，击晕后喂(wèi )了神奇的(de )药水，工藤新一变回了小孩！新(xīn )一(yī )找到了经常帮助他(tā )的阿(ā )笠(lì )博(bó )士，博士(shì )为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐(yǐn )姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能(néng )得到解药。一日，新一(yī ) 的女(nǚ )友毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞见的新一情急之下编(biān )造了自己名叫江(jiāng )户川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄(jì )居在(zài )了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新(xīn )一可以(yǐ )籍着和(hé )他(tā )一起四出办案一(yī )起追(zhuī )查黑夜人的下(xià )落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！