工藤新一是全国(guó )著名的(de )高中生侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时(shí )不幸(xìng )被团(tuán )伙成(chéng )员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一(yī )变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮(bāng )助他的(de )阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他(tā )们，希望能得到解(jiě )药。一日(rì )，新一 的女友毛利兰来到了阿(ā )笠博士的家(jiā )寻找男友的下(xià )落，被小(xiǎo )兰撞(zhuàng )见的(de )新一情急之下编(biān )造(zào )了自己名叫江户(hù )川柯南(nán )，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰(lán )的父亲毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以(yǐ )籍(jí )着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小学认识步(bù )美等小学生，他们一(yī )起组织(zhī )了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！