工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他度身打造不少(shǎo )间谍武器。为(wéi )了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决(jué )定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查(chá )他(tā )们，希望能得到解药。一日，新一 的(de )女友(yǒu )毛利兰来(lái )到(dào )了阿笠博士的家寻(xún )找男友的下落，被小兰撞见的新一情(qíng )急(jí )之下编(biān )造了自己(jǐ )名叫江户川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私(sī )家侦探，新一可以籍(jí )着和(hé )他一起四出办案一(yī )起追查黑(hēi )夜人的下(xià )落。柯南在(zài )小学认识步(bù )美等小(xiǎo )学(xué )生，他们一(yī )起组织了一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯(fàn )宣战！