工藤新一是全国著名的高中生侦探，在(zài )一(yī )次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕(yūn )后(hòu )喂(wèi )了(le )神(shén )奇(qí )的(de )药水，工藤(téng )新一变回了小孩！新一找到(dào )了经(jīng )常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打造(zào )不少间(jiān )谍(dié )武器。为了防止犯罪团(tuán )伙(huǒ )对他进行(háng )报(bào )复，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他(tā )们，希望能得(dé )到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新(xīn )一情(qíng )急之下(xià )编造了自己名叫江户川柯南，随(suí )后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家侦探，新一可以籍(jí )着(zhe )和他一起四出办案一(yī )起追(zhuī )查黑夜人的下落(luò )。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！