工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂(wèi )了神奇的药(yào )水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博(bó )士，博士为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为了(le )防止犯罪(zuì )团伙对(duì )他进(jìn )行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查他们，希望能得到解药。一(yī )日(rì )，新一 的女友毛(máo )利兰来到(dào )了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急之下编造了(le )自己名叫江户川柯南，随(suí )后柯南(nán )寄居在了小兰家。小兰(lán )的父亲毛利小五郎(láng )是一名(míng )私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起四出办案一起(qǐ )追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识(shí )步美等小学生，他(tā )们一(yī )起组织了一个少年(nián )侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！