工藤新一是全国著名(míng )的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工藤新一(yī )变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经(jīng )常帮助(zhù )他的阿笠博士，博(bó )士为他度身打造不少间(jiān )谍(dié )武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报复(fù )，新一(yī )决定(dìng )隐姓埋名，暗中追查(chá )他们，希望(wàng )能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士的家寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了(le )自(zì )己名(míng )叫江户川柯(kē )南，随后柯南(nán )寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利(lì )小五郎是一名私(sī )家侦(zhēn )探，新一可以籍着和(hé )他一起(qǐ )四出办案一起(qǐ )追查黑(hēi )夜人(rén )的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团(tuán )，向(xiàng )罪犯宣战！