工藤新一是全国(guó )著名的(de )高中生侦探，在一次(cì )追(zhuī )查黑衣人(rén )犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回了(le )小孩！新一找到了经常帮助他(tā )的(de )阿笠博(bó )士(shì )，博士为他度(dù )身打造(zào )不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决(jué )定(dìng )隐姓埋(mái )名，暗(àn )中追查他们，希望能得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰(lán )来到了阿笠博士(shì )的家寻找男友的(de )下落，被小兰撞见的(de )新一情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄(jì )居在了小(xiǎo )兰(lán )家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等(děng )小学生，他们一(yī )起(qǐ )组(zǔ )织了一个(gè )少年侦(zhēn )探团，向罪犯宣战！