工藤(téng )新一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博(bó )士(shì )，博(bó )士为他(tā )度身打造不少间谍武(wǔ )器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中追查(chá )他(tā )们，希望能得到解药。一日，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找(zhǎo )男友(yǒu )的下(xià )落，被小兰(lán )撞见的新一情急之下编造(zào )了(le )自(zì )己名叫江(jiāng )户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了(le )小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利(lì )小五郎是一名私家侦(zhēn )探(tàn )，新(xīn )一(yī )可以籍(jí )着和他一(yī )起四出办(bàn )案一(yī )起(qǐ )追查黑夜人的下落。柯南在(zài )小学认识步美等小学生，他们一起组织(zhī )了一个少年侦探团，向(xiàng )罪(zuì )犯宣战！