工(gōng )藤新一是全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑(hēi )衣(yī )人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现(xiàn )，击晕后喂了(le )神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助(zhù )他的阿(ā )笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他们，希望能得(dé )到(dào )解药。一日(rì )，新一(yī ) 的女(nǚ )友毛(máo )利兰(lán )来到了(le )阿(ā )笠博士的家寻(xún )找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造了自己名叫(jiào )江户(hù )川柯(kē )南，随后(hòu )柯(kē )南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美等小(xiǎo )学生(shēng )，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！