工藤新一是(shì )全国著名的(de )高中生侦探，在一次(cì )追查(chá )黑(hēi )衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成员发现，击晕后喂了(le )神奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一(yī )找到了(le )经(jīng )常帮助(zhù )他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打造不(bú )少间谍武(wǔ )器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能(néng )得(dé )到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了(le )自己名叫江户川柯南(nán )，随后柯南寄居在(zài )了小兰家。小(xiǎo )兰(lán )的父亲(qīn )毛利小(xiǎo )五郎是一(yī )名私(sī )家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查(chá )黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生(shēng )，他(tā )们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！