工藤新一是(shì )全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙(huǒ )成员发现，击(jī )晕后喂了神奇(qí )的药(yào )水，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造(zào )不少间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对(duì )他进行报复，新一(yī )决定隐姓(xìng )埋名，暗(àn )中追(zhuī )查他们，希(xī )望能得到解药。一日，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻(xún )找男友的下落，被小兰撞见的新(xīn )一情急(jí )之下(xià )编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南(nán )寄居(jū )在了(le )小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一(yī )名私家侦探，新(xīn )一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑(hēi )夜人(rén )的(de )下落(luò )。柯南在小学认(rèn )识步(bù )美等小学(xué )生，他们一起组织了一个少年(nián )侦探团，向罪犯(fàn )宣(xuān )战！