工藤新一(yī )是全国著名的高(gāo )中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小(xiǎo )孩！新一(yī )找(zhǎo )到了(le )经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少(shǎo )间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团(tuán )伙对他进行(háng )报复，新(xīn )一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查(chá )他(tā )们，希望能得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博士(shì )的家(jiā )寻找(zhǎo )男友的下落，被小(xiǎo )兰(lán )撞见的新一情急之(zhī )下编(biān )造了(le )自己名叫江户川(chuān )柯南，随(suí )后柯南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎(láng )是一名私家(jiā )侦探，新(xīn )一可以籍着和他一起四(sì )出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在(zài )小学认识步美(měi )等小学(xué )生，他们一(yī )起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！