工(gōng )藤新一是全国(guó )著(zhe )名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神(shén )奇的(de )药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博(bó )士，博士为他度身打造不少间谍(dié )武(wǔ )器。为了防止犯罪团伙(huǒ )对(duì )他进行报复(fù )，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中追查他(tā )们(men )，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠(lì )博士(shì )的(de )家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰(lán )撞见的新一情急之下编造了自己名(míng )叫江(jiāng )户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的(de )父亲(qīn )毛利小五郎是一名(míng )私家(jiā )侦探，新一可以籍着和(hé )他一起四出办案一起追查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美等(děng )小学生(shēng )，他(tā )们一起组(zǔ )织了一个少(shǎo )年侦探团(tuán )，向罪(zuì )犯宣战！