工藤新一是全国著名的高中生侦探(tàn )，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击(jī )晕后喂(wèi )了神奇的药水，工(gōng )藤新(xīn )一变回了小(xiǎo )孩！新一找(zhǎo )到了经常(cháng )帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报复(fù )，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追(zhuī )查他们，希望(wàng )能得到解(jiě )药。一(yī )日(rì )，新(xīn )一 的(de )女友(yǒu )毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被(bèi )小兰撞(zhuàng )见的新一情(qíng )急之下编造了(le )自己名叫江(jiāng )户川(chuān )柯南，随(suí )后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一(yī )起四(sì )出办案一起追查黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一(yī )起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯宣战！