工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦(zhēn )探(tàn )，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现(xiàn )，击晕后喂(wèi )了神奇的药(yào )水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到(dào )了经常(cháng )帮助他的阿笠(lì )博士，博士为(wéi )他度身打造不少间谍(dié )武器(qì )。为(wéi )了(le )防止犯罪团伙对他(tā )进行(háng )报复，新一(yī )决定隐姓(xìng )埋(mái )名，暗中追查他们，希望能(néng )得到解药。一日，新一 的(de )女友毛利(lì )兰(lán )来到了阿笠(lì )博士的(de )家寻找男友的(de )下(xià )落，被小兰撞见的(de )新一情急(jí )之下编造了自己名叫江户川柯(kē )南，随后柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰(lán )的父亲毛利小五郎是一名私家侦(zhēn )探，新一可以籍着和他一起四出(chū )办案一起追查黑夜人的(de )下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪(zuì )犯宣(xuān )战！